Die aus ökologischer Sicht unbestrittene Richtlinie ist laut Umweltdachverband UWD von ihrer Zielerfüllung allerdings noch weit entfernt: „Leider müssen wir festhalten, dass die durch die WRRL vorgeschriebene Gewässersanierung in Österreich stagniert. Mehr als 60 Prozent unserer Fließgewässer sind in keinem guten ökologischen Zustand, 30 Prozent des Gewässernetzes sind strukturell verarmt", äußert sich Franz Maier, Präsident des UWD.
WWF-Wasserexpertin Bettina Urbanek fordert das Nachhaltigkeitsministerium auf, schnell zu handeln: „Österreich hat diese wegweisende Richtlinie einst in den 1990ern mitentwickelt und sollte jetzt auch an der Spitze jener Länder stehen, die für mehr Gewässerschutz eintreten. Der aktuelle Ratsvorsitz muss Umwelt und Natur auf allen Ebenen stärker schützen. Nur Moderieren ist zu wenig.“
Christoph Wagner, Präsident der Kleinwasserkraft Österreich, spricht sich für eine flexible Umsetzung der Wasserrichtlinie aus: „Wenn um Hunderttausende Euros Maßnahmen ergriffen werden, für einzelne Individuen die nicht oder kaum vorkommen, dann bringt das keine Verbesserung für den Gewässerzustand im Allgemeinen. Es belastet einzig die Wirtschaftlichkeit der Wasserkraft und reduziert die Produktion von hochwertigem, nachhaltigem, erneuerbarem Strom.“ Wichtiger sei es daher, das große Bild ins Auge zu fassen und jene Maßnahmen zu ergreifen, die den größten Nutzen für die weitere Verbesserung der Gewässer haben. „Wir brauchen mehr Flexibilität in der Wasserrahmenrichtlinie und in deren Umsetzung“, fordert auch Kleinwasserkraft Österreich Geschäftsführer Paul Ablinger. Verabsäume man dies, werde das wichtige Rückgrat der Erneuerbaren Stromversorgung stark beschädigt, ohne große positive ökologische Effekte zu erzielen.